In 1361 werd in Enkhuizen voor een groeiend aantal schepen de eerste binnendijkse haven gegraven, op de plek van de huidige Zuiderhavendijk, Nieuwstraat, Kaasmarkt en Noorderhavendijk.
Al in 1400 volgde de aanleg van een tweede haven, noodzakelijk vanwege de grote betekenis van Enkhuizen als havenstad, zowel voor visserij als koopvaardij. Enkhuizen had nauwe banden met Noordzee- en Oostzeelanden en het Rijnland.
Vooral met het oog op de handel in boter en kaas werd aan het eind van de veertiende eeuw de Waag gebouwd op de hoek van de Westerstraat.
In de nacht van 17 op 18 november 1421 woedde een zware storm langs de kusten van de Noordzee: de Sint Elisabethvloed. In 1422 werd de buitendijks gelegen parochiekerk afgebroken en op een veilige plaats binnendijks weer opgebouwd. Dit is de nog steeds bestaande Zuiderkerk.
Onder invloed van de Hoekse en Kabeljauwse twisten begonnen de inwoners van Enkhuizen in 1489 met de aanleg van beschermende wallen om de stad. De Westerkerk en de nabijgelegen kloosters en boerderijen stonden binnen deze versterkingen.
In de vrijheidsstrijd tegen de Spanjaarden heeft Enkhuizen een belangrijke rol gespeeld. In mei 1572 kwam de stad in opstand tegen Philips II en zijn generaal Alva. Als eerste stad in Holland en West-Friesland verklaarde Enkhuizen zich voor de Prins van Oranje. Vanuit dat standpunt werden de verdedigingswerken van de stad vergroot met de aanleg van het bolwerk Willigenburg (op de plek van de huidige Dromedaris). Als dank voor de loyaliteit kreeg Enkhuizen van Prins Willem van Oranje het Paalkistrecht: het recht om van schepen, die de Zuiderzee bevoeren, gelden te innen voor de betonning en bebakening.
In 1593 werd Enkhuizen uitgebreid door de aanleg van een nieuwe omwalling, versterkt met zeven bastions.
In 1602 werd de Oost-Indische Compagnie (VOC) opgericht, waarvan ook een Kamer in Enkhuizen werd gevestigd. Twintig jaar later nam Enkhuizen ook deel aan de oprichting van de West-Indische Compagnie. Tot halverwege de zeventiende eeuw bleef Enkhuizen een welvarende handelsstad. Een achteruitgang in welvaart begon vanaf 1652 toen de eerste van een reeks oorlogen met Engeland, Frankrijk en Spanje uitbrak. De Hollandse handel en visserij leden onder de grote concurrentie vanuit Engeland en ook in eigen land had Enkhuizen last van concurrentie. De economische activiteiten verplaatsten zich steeds meer naar Amsterdam, ten koste van de activiteiten in noordelijkere gebieden.
In de achttiende eeuw groeide het belang van de VOC als werkgever; tientallen Enkhuizers werkten in de VOC-kantoren en honderden werkten in de pakhuizen, op de scheepswerf, in de touwslagerij en op de schepen.
In de negentiende eeuw was Enkhuizen een 'dood' stadje aan de Zuiderzee. De karige inkomsten kwamen uit de handel in agrarische producten en de opbrengst van het puin van de vele gesloopte gebouwen. Pas met de komst van de spoorlijn in 1885 hoopte men voorzichtig op een hernieuwde economische opbloei. Die kwam wel, maar niet in sneltreinvaart!
Het midden van de negentiende eeuw was voor Enkhuizen een waar dieptepunt. Huizen en pakhuizen werden gesloopt omdat afbraak voordeliger was dan het onderhoud van deze panden. Op de lege plekken in de stad kwamen uitgestrekte grasvlakten.
In de loop van de twintigste eeuw waren het voornamelijk de handel in kaas en de vestiging van enkele zaadbedrijven die bijdroegen aan een opmars van de economie in Enkhuizen. Inmiddels hebben zich in deze stad veel typen bedrijvigheid gevestigd, onder meer op het bedrijventerrein Schepenwijk. Met de komst van de Houtribdijk naar Lelystad heeft Enkhuizen een uitstekende verbinding naar het achterland. De stad floreert weer. De fraaie monumentale panden in de binnenstad en de sfeervolle haven hebben een grote aantrekkingskracht op toeristen. Zowel over land als over zee stromen deze in grote getale toe om te genieten van al het moois dat Enkhuizen te bieden heeft.